宏基因组分箱技术及其在猪肠道微生物组研究中的应用

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第10期北京时间：

作者：赵瑾, 贺兆源, 蒙淑玲, 罗广文, 陈海兰, 贾耿介

单位：1. 广西大学动物科学技术学院, 南宁 530004;2. 农业农村部基因组数据分析重点实验室, 中国农业科学院(深圳)农业基因组研究所, 深圳 518000

摘要：随着宏基因组学的快速发展，分箱(binning)技术逐渐成为量化微生物群落的重要工具。该技术基于同一微生物序列的共性特征，通过聚类算法将高通量测序数据中不同微生物的基因组分离，从而用于单菌基因组组装及物种关联分析等。由于分箱技术能够提供菌株水平的高分辨率物种注释，已逐步取代了传统的无组装(assemble-free)宏基因组分析方法。目前分箱技术逐渐被应用于畜牧兽医领域，尤其是在研究动物肠道微生物群落的构成及其变化方面。由于猪是最重要的畜牧经济动物之一，肠道微生物对其营养健康、防病及免疫能力等方面有显著的影响，笔者介绍了宏基因组分箱技术在猪肠道微生物组中应用的研究进展，包括推动猪肠道微生物组参考目录构建和捕捉品种、生长阶段、饮食和环境因素引起的猪肠道微生物群落变化方面的贡献，即提升了对猪肠道微生物结构和功能的认知，也为未来畜牧行业的微生物群落研究提供了技术参考和理论支持。

关键词：分箱技术;宏基因组;猪;肠道微生物

基金资助：国家自然科学基金(32201095)