鸽圆环病毒全基因组测序及遗传进化分析

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第11期北京时间：

作者：王仲浩, 田野, 袁小远, 李桂明, 陈书民, 刘明超, 王传文, 孟凯

单位：1. 河北农业大学动物医学院, 保定 071000;2. 山东省农业科学院家禽研究所, 山东省主要畜禽育种重点实验室, 济南市农业实验动物与比较医学重点实验室, 济南 250100;3. 山东省动物疫病预防与控制中心, 济南 250100

摘要：【目的】了解华东部分地区流行的鸽圆环病毒(Pigeon circovirus，PiCV)基因组特征及遗传变异规律。【方法】无菌采集58只病死鸽的肺脏、脾脏、肝脏组织，利用PCR扩增进行病原检测。对PiCV阳性样本通过PCR扩增病毒基因组全长并进行TA克隆。阳性质粒测序结果通过DNAStar和Mega 11.0软件进行全基因组序列拼接以及核苷酸、氨基酸序列比对，并构建系统进化树。利用RDP 5.42和Simplot 3.5.2软件对分离株进行重组分析并鉴定。【结果】PCR检测结果显示，58只病死鸽中检出30只PiCV阳性，且其他病毒未检出。测序结果显示，成功获得5株PiCV全基因组序列，分别命名为SD02、SD040、JS091、AH056和AH529，序列长度分别为2 037、2 034、2 039、2 039和2 041 bp。相似性比对结果显示，5株PiCV分离株与国内外参考株核苷酸序列相似性为83.2%～100%，与国内的分离株亲缘关系更近。遗传进化分析结果显示，5株PiCV分离株属于不同亚型，分离株SD040、SD02、JZ091、AH056、AH529分别属于B、A、C、G和H亚型。氨基酸序列分析表明，5株PiCV分离株与标准株jz1相比，Cap蛋白氨基酸出现不同程度的突变、替换和缺失，Rep蛋白存在3个氨基酸位点缺失和1个氨基酸位点突变。重组分析表明，5株PiCV分离株有2个重组事件被鉴定，其中分离株AH056是由GX6株和JS2株重组产生，重组断点位于161 bp处。【结论】本研究分离获得5株不同亚型PiCV全基因组序列。病毒重组及关键蛋白突变为其多样性和复杂性的重要成因。本研究丰富了对PiCV基因组特征及遗传演化规律的认识，为华东地区PiCV的防控提供了重要参考依据。

关键词：鸽圆环病毒;全基因组测序;遗传进化分析

基金资助：山东省自然科学基金(ZR2021QC185)；山东省重点研发计划项目(2022LZGC013)