石潭鸡与中国地方鸡种mtDNA密码子偏好性分析

来源：中国畜牧兽医杂志2025年第12期北京时间：

作者：张梦萍, 林明昕, 吴忠亮, 罗景飞, 陈珊对儿, 吴琼

单位：1. 福建农林大学生命科学学院, 福州 350002;2. 龙岩学院生命科学学院, 龙岩 364000

摘要：【目的】分析石潭鸡与中国其他地方鸡种线粒体DNA(mtDNA)基因序列的密码子使用模式及特性，探究石潭鸡与中国主要地方鸡种的进化关系。【方法】获取10只健康成年石潭鸡的mtDNA基因序列，采用CodonW 1.4.2软件分析其与中国17个地方鸡种mtDNA基因密码子使用偏好性，计算密码子偏好参数，并进行偏好性密码子的聚类分析、氨基酸分析、因子相关性及基因序列的聚类分析。【结果】石潭鸡与中国主要地方鸡种的mtDNA序列均倾向于使用以C碱基结尾的密码子，而以G碱基结尾的密码子使用频率较低。石潭鸡以CGA、CUA、ACC、UUC等27个密码子的相对密码子使用度(RSCU)均＞1，为偏好性密码子。石潭鸡与桃源鸡、五华三黄鸡、广西三黄鸡、如皋黄鸡、海南文昌鸡、河田鸡和皖南三黄鸡的密码子偏好性相近，进一步选取上述7个鸡种展开分析，明确石潭鸡与该群体在遗传层面的关联特征，氨基酸组成分析显示，石潭鸡线粒体中亮氨酸含量最高，其次为异亮氨酸和苏氨酸，8个鸡种以AC和GU结尾的密码子呈现明显分化，且AC结尾密码子的含量较高。基于mtDNA基因序列的聚类分析发现，石潭鸡与如皋黄鸡的亲缘关系最近。【结论】石潭鸡与中国主要地方鸡种mtDNA序列均表现出以C碱基结尾密码子的显著偏好，且AC结尾的密码子含量相对较高；石潭鸡线粒体中亮氨酸含量最高，与如皋黄鸡的亲缘关系最近。

关键词：石潭鸡;mtDNA;密码子偏好性;进化分析

基金资助：特种动物种质资源库(TZDW2021-09)