驼峰牛肾脏组织高海拔适应相关circRNA的筛选及功能预测

来源：中国畜牧兽医杂志2026年第4期北京时间：

作者：马瑞娜, 张聪聪, 陈功, 马小娟, 温东旭, 侯玲玲, 徐青, 王雅春

单位：1.北京交通大学生命科学与生物工程研究所，北京 1000442.中国农业大学动物科学技术学院，北京 1001933.西藏自治区农牧科学院畜牧兽医研究所，拉萨 850000

摘要：目的 研究驼峰牛和晋南牛肾脏组织环状RNA（circRNA）的表达谱及竞争性内源RNA（ceRNA）调控网络，为探究高原大型哺乳动物的低氧适应机制提供理论参考和数据支持。 方法 分别采集5头15~16月龄健康驼峰牛和晋南牛的肾脏组织作为试验样本，提取RNA构建cDNA文库后进行高通量测序，使用Fastp和Hisat2软件进行统计分析及参考基因组比对，使用find_circ与CIRI软件进行circRNA鉴定。综合使用生物信息学方法对差异表达circRNA（DEcircRNA）的宿主基因进行GO功能和KEGG通路富集。对筛选到的核心circRNA使用RegRNA 3.0与TargetScan软件进行下游靶基因预测，构建circRNA-miRNA-mRNA（ceRNA）调控网络。 结果 共鉴定出9 809个circRNA，驼峰牛和晋南牛中分别有6 852和7 687个circRNA，54.4%均由2~3个外显子组成，在1号染色体上最多。以晋南牛为对照，在驼峰牛中共筛选出90个DEcircRNA，其中，35个表达上调，55个表达下调，注释到72个宿主基因，显著富集到18个GO条目，包括细胞定位和细胞稳态等，以及19条KEGG通路，包括HIF-1、MAPK和自噬-动物等信号通路等。鉴定到2个核心circRNA（circ15007和circ11572），构建了circ115007/bta-miR-2442/EPOR与circ11572/bta-miR-342/STAT5B 2个核心ceRNA分子调控网络。 结论 驼峰牛肾脏组织中circRNA的表达受高海拔环境影响显著，预测构建的2个核心ceRNA网络通过HIF-1α节点形成互作，共同介导驼峰牛肾脏组织适应高海拔环境。研究结果为进一步阐明circRNA在牛肾脏低氧应答中的调控作用提供了理论依据。

关键词：高海拔;牛;肾脏;circRNA;ceRNA

基金资助：西藏自治区重点研发计划(XZ202301ZY0003N);国家现代农业产业技术体系(CARS-36)