基于整合生物信息学方法筛选大河猪不同部位皮下脂肪沉积的关键基因

来源：中国畜牧兽医杂志2026年第6期北京时间：

作者：李晓路, 赖金花, 王孝义, 朱怡轩, 陈强, 王淑燕, 李明丽, 鲁绍雄

单位：云南农业大学动物科学技术学院，昆明 650201

摘要：目的 筛选调控大河猪不同部位皮下脂肪沉积的关键基因，为大河猪的遗传改良提供科学参考。 方法 采集9头大河猪的背部脂肪与腹部脂肪组织（共18个样本）进行转录组测序，整合加权基因共表达网络分析（WGCNA）、蛋白质互作（PPI）网络及机器学习（ML）等多种生物信息学方法筛选调控大河猪不同部位皮下脂肪沉积的关键基因，并随机选取4个关键基因进行实时荧光定量PCR验证。 结果 共鉴定出756个差异表达基因，其中364个上调，392个下调。WGCNA分析识别出18个基因共表达模块，其中MEblue模块与大河猪背膘厚呈显著正相关（P<0.05），MEred模块与大河猪背膘厚呈显著负相关（P<0.05）。通过PPI网络并结合ML算法，鉴定出NDUFA4L2、WNT10B、KRAS和FGF2为影响大河猪不同部位皮下脂肪沉积的关键基因，其表达趋势经实时荧光定量PCR验证与转录组测序结果一致。 结论 本研究初步筛选出影响大河猪不同部位皮下脂肪沉积差异的4个关键基因：NDUFA4L2、WNT10B、KRAS和FGF2，为大河猪不同部位脂肪沉积的调控机制研究提供了参考依据。

关键词：大河猪;背部脂肪;腹部脂肪;转录组测序;加权基因共表达网络分析;机器学习

基金资助：云南省生猪产业技术体系建设项目(2023KJTX016);云南省产业技术领军人才专项(YNWR-CYJS-2018-056);国家重点研发计划(2022YFD1601902)