利用语义网技术实现的分布式异构食品微生物数据整合

来源：中国生物工程杂志2017年第3期北京时间：

作者：吴林寰, 陆震鸣, 龚劲松, 史劲松, 许正宏

单位：江南大学工业生物技术教育部重点实验室 药学院 无锡 214122

摘要：随着高通量测序技术的迅速发展和食品微生物研究的逐步深入，产生了大量的数据和知识，且以不同的数据格式分布在各种数据库中。为了更好地支持食品微生物的相关研究，从各种分布式、异构的数据和知识中，进行数据提取与转换，并形成一个整合的数据平台显得尤为重要。FoodMicrobes数据库利用语义网技术，建立了一个食品微生物的整合型数据平台。该平台从各种开放的公共数据库，提取了与食品微生物相关的基因、基因组、基因功能、蛋白质序列与结构、代谢途径、文献、专利等信息，利用RDF的方法，对数据进行转换，并建立了数据之间的关联，实现了数据整合，是目前在食品微生物领域以语义网方式建立的第一个数据库。在该平台中，实现了将食品微生物的物种、菌株层面的宏观信息与基因组、蛋白质、代谢与功能等微观层面信息的贯通，并通过友好的数据检索界面，为用户进行食品微生物研究提供了重要的工具。

关键词：语义网,食品微生物,关联数据

基金资助：国家自然科学基金（31271922），国家863计划（2012AA021301，2014AA021501，2013AA102106）资助项目