一种基于E-index方法区分复杂性状的分析工具

来源：中国生物工程杂志2017年第2期北京时间：

作者：孙鉴锋, 王建新

单位：1. 北京林业大学信息学院 北京 100083;2. 北京林业大学计算生物学中心 北京 100083

摘要：目前，生物遗传学领域在区分复杂性状的研究上正面临着巨大挑战，许多方法都被用来应对这项挑战，其中分子标记法，QTL作图法和序列分析法等就是用来区分控制复杂性状基因的主要应对策略。测定生物复杂性状对于研究生物多样性具有重要意义，也是进一步研究基因控制性状作用机理的重要途径，但是，现有的方法并不成熟也不完善，因此给有效区分复杂性状带来了一定难度。近年来，由于生长曲线能够有效地描述复杂性状，基于生长曲线来区分复杂性状的方法是目前常用的方式，Functional Mapping（FM）就是其中具有代表性的一种方法。在过去的十年间，FM方法是复杂性状区分效果最好的，但不能有效处理非单调类型的生长曲线。Earliness index（E-index）方法的问世，解决了非单调类型的曲线不能有效识别的难题，它能够将任意生物类型的复杂性状发展过程描述为生长曲线并加以区分。基于E-index方法的原理，开发了一套E-index Application（EIA）分析工具，该工具中集成了E-index方法，利用生物数据可视化技术动态绘制生长曲线，包含数据获取、数据处理和结果输出等功能，为遗传工作者的研究提供了良好平台。仿真实验的结果证明了EIA分析工具具有高效、实时和准确的性能，是区分复杂性状的有力工具。

关键词：复杂性状,生长曲线,E-index,EIA分析工具,生物数据可视化

基金资助：国家自然科学基金（61170268）、林业公益性行业科研专项（201404102）资助项目