基于高通量测序的文冠果转录组分析

来源：中国生物工程杂志2015年第7期北京时间：

作者：敖妍, 马履一, 韩树文, 杨晓辉

单位：1. 北京林业大学省部共建森林培育与保护教育部重点实验室 北京 100083;2. 国家能源非粮生物质原料研发中心 北京 100083;3. 河北省平泉县林业局 平泉 067500;4. 河北省平泉县国有黄土梁子林场 平泉 067506

摘要：应用Illumina Hi-seq 2000高通量测序技术对文冠果花芽进行转录组分析。共获得N50为1 180bp、平均长度为686bp的 unigene 58 311条。与公共数据库Nr和Swiss-Prot同源性比较后发现37 047条unigene获得基因注释,另有21 264条unigene未被注释。利用COG数据库将unigene分成25类。通过GO分类和KEGG Pathway富集性分析,将unigene分别归类于55个GO term 和128 个代谢途径。此外,在9 794条unigene中共搜索到12 213个SSR位点,单核苷酸重复基元出现频率最高(34.95%),其次分别为二核苷酸(32.74%)和三核苷酸(28.64%)。在获得的unigene 中发掘出涉及4 个开花调控途径(光周期途径、春化途径、GA 途径和自主途径)多个基因的同源序列。研究结果可在一定程度上解析文冠果花芽形态分化的分子调控模式与机制。

关键词：文冠果,花芽,Illumina Solexa,转录组,开花基因

基金资助：中央高校基本科研业务费专项资金(BLX2012035),国家国际科技合作专项(2014DFA31140)资助项目