利用ChIP技术研究SAF基因编码区组蛋白修饰变化

来源：中国生物工程杂志2015年第3期北京时间：

作者：曹锡梅, 罗旭光, 梁俊红, 张潮, 白丽娟, 郭大玮

单位：1. 山西医科大学组织学与胚胎学教研室 太原 030001;2. 山西医科大学微生物免疫学教研室 太原 030001;3. 山西医科大学法医学院 太原 030001

摘要：目的:探讨血清淀粉样蛋白A转录激活因子(serum amyloid A-activating transcription factor,SAF)编码区外显子e4A和e4B区域的组蛋白表观遗传学信息,为进一步研究SAF自身的转录调控机制和该基因转录与前体mRNA剪接的关系奠定基础.方法:利用染色体免疫共沉淀实验(ChIP)分析SAF基因编码区组蛋白修饰的变化.首先收集LPS刺激不同时间的THP-1细胞,终浓度为1％甲醛交联蛋白质和DNA,利用超声波将其染色体随机断裂成适当大小的片段,选用ChIP级别兔多克隆抗组蛋白H3抗体、兔多克隆抗组蛋白H3K36三甲基化抗体、兔多克隆抗组蛋白H3K9单甲基化抗体和兔多克隆抗RNA聚合酶II CTD重复区5号丝氨酸磷酸化抗体实验,以富集得到的DNA样品为模板进行半定量PCR和定量qPCR分析.结果: LPS刺激作用下SAF基因编码区组蛋白H3富集信号减弱、外显子e4A区域单个核小体上H3K9单甲基化(H3K9me1)水平减弱、H3K36三甲基化(H3K36me3)修饰富集水平增加、RNA polII CTD重复序列第5号丝氨酸磷酸化水平降低.结论: LPS刺激导致SAF基因编码区组蛋白H3离散,该区域核小体解散、凝聚的染色体重塑呈开放构象;含SAF编码区基因信息的DNA暴露,利于RNA polII转录延伸.

关键词：血清淀粉样蛋白A转录激活因子,组蛋白修饰,染色体免疫共沉淀实验,THP-1细胞

基金资助：国家自然科学基金(90606008),高等学校博士学科点专项科研基金(20111417110003),山西省自然科学基金(2006011110),山西省自然科学基金青年基金(2014021028-1)资助项目