高通量测序分析食用玫瑰花瓣内生细菌多样性

来源：中国食品学报杂志2017年第9期北京时间：

作者：陈泽斌; 李冰; 徐胜光; 靳松; 夏体渊; 王定康; 郭丽红

单位：陈泽斌; 李冰; 徐胜光; 靳松; 夏体渊; 王定康; 郭丽红昆明学院农学院;中国科学院昆明动物研究所;云南省高校特色生物资源开发与利用重点实验室;,

摘要：目的:比较食用玫瑰与观赏玫瑰花瓣内生细菌群落结构差异。方法:应用高通量测序技术测定食用玫瑰(SM)和观赏玫瑰(GM)花瓣内生细菌的16S r DNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种的丰度、分布和Alpha多样性,以及物种丰富度的差异。结果:本研究获得用于分析的有效序列和OTU数为17 401/27(SM)、11 143/24(GM);稀疏曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和。SM和GM样品的Chao1指数分别为34.0和25.667,Shannon多样性指数分别为1.269和0.649。观赏玫瑰花瓣内生细菌的优势菌属为埃希氏菌属(34.48%)、无色杆菌属(13.79%)、寡养单胞菌属(13.79%);食用玫瑰花瓣内生细菌的优势菌属为Faecalibacterium属(25.53%)、无色杆菌属(17.02%)、瘤胃球菌属(14.89%)。地发菌属、冷杆菌属、瘤胃球菌属为食用玫瑰特有,在观赏玫瑰中未检测到。结论:食用玫瑰与观赏玫瑰花瓣内生细菌菌群存在差异,高通量测序技术为植物内生细菌的研究提供准确、科学的数据资源。

关键词：高通量测序;食用玫瑰;花瓣;内生细菌;多样性

基金资助：国家自然科学基金项目(41361056); 云南省教育厅科学研究项目(2014Y390); 云南省高校优势特色重点学科(生态学)建设项目(05000511311); 云南省特色生物资源开发与利用重点实验室开放基金项目(GXKJ201621)