利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)的方法挖掘番茄果实成熟相关的转录因子

来源：中国食品学报杂志2018年第6期北京时间：

作者：鞠正; 曹东艳; 梁岩; 田慧琴; 朱本忠; 罗云波

单位：鞠正; 曹东艳; 梁岩; 田慧琴; 朱本忠; 罗云波中国农业大学食品科学与营养工程学院;,

摘要：为挖掘番茄果实成熟相关的转录因子,利用10个不同番茄组织RNA-Seq数据,通过加权基因共表达网络分析的方法构建网络。进一步将该网络划分为24个模块,并寻找到8个组织中共16个组织特异性模块。通过对3个番茄破色10 d的果实组织特异性模块分析,发现这些模块中含有大量果实品质形成所需的糖、脂、蛋白等相关的代谢过程,并存在类萝卜素合成、果实软化、芳香物质合成以及乙烯生物合成和信号转导所需的关键基因。此结果验证了网络和组织特异性模块的可靠性。通过对棕色模块中转录因子分析,发现在该模块中存在MADS-RIN、AP2a、FUL1(TDR4)、CNR、NAC4、ERF6、NAC-NOR等果实成熟相关的转录因子,以及大量MADS-RIN转录因子直接作用的靶基因。由此推断棕色模块中其它58个转录因子是潜在的果实成熟转录因子。此结果为番茄果实成熟机制的研究提供新思路。

关键词：加权基因共表达网络分析;番茄;果实成熟;转录因子

基金资助：农业部果品产后处理重点实验室开放性课题(GPCH201702); 国家自然科学基金面上项目(31571894)