基于比较基因组学研究粪肠球菌乳源分离株的安全性

来源：中国食品学报杂志2024年第5期北京时间：

作者：沈婷婷，马昕玮，路镜达，李伟程，钟智

单位：沈婷婷内蒙古农业大学 乳品生物技术与工程教育部重点实验室 农业农村部奶制品加工重点实验室内蒙古自治区乳品生物技术与工程重点实验室 呼和浩特 010018,马昕玮内蒙古农业大学 乳品生物技术与工程教育部重点实验室 农业农村部奶制品加工重点实验室内蒙古自治区乳品生物技术与工程重点实验室 呼和浩特 010018,路镜达内蒙古农业大学 乳品生物技术与工程教育部重点实验室 农业农村部奶制品加工重点实验室内蒙古自治区乳品生物技术与工程重点实验室 呼和浩特 010018,李伟程内蒙古农业大学 乳品生物技术与工程教育部重点实验室 农业农村部奶制品加工重点实验室内蒙古自治区乳品生物技术与工程重点实验室 呼和浩特 010018,钟智内蒙古农业大学 乳品生物技术与工程教育部重点实验室 农业农村部奶制品加工重点实验室内蒙古自治区乳品生物技术与工程重点实验室 呼和浩特 010018,

摘要：粪肠球菌为同型发酵乳酸菌，在食品生产中应用广泛。然而，很多粪肠球菌为条件致病菌，使其在食品中的应用存在很大的争议。本文以粪肠球菌乳源分离株为研究对象，探究粪肠球菌乳源分离株的安全性。采用Illumina Hiseq高通量测序平台对35株粪肠球菌乳源分离株进行全基因组测序，与NCBI数据库中下载的21株粪肠球菌粪便分离株进行比较基因组学分析。结果表明，粪肠球菌整体基因组长度为(2.93±0.13)Mb，GC含量在(37.43±0.13)%，转运RNA(tRNA)有(56±4)个，编码序列(CDS)数量在(2 768±146)个。粪肠球菌乳源分离株平均基因组长度与粪便分离株无显著差异，而平均CDS数量显著高于粪便分离株。系统发育树结果显示同分离源的菌株聚类在同一进化分支，该结果与平均核苷酸一致性(ANI)聚类结果基本一致。乳源分离株含有5~11种耐药基因、8~24种毒力因子及18~31个可移动遗传元件，与粪便分离株相比较，乳源分离株平均每株菌少携带3个耐药基因和毒力因子，多2.4个可移动遗传元件。因此即使是在乳制品中分离得到的粪肠球菌，也存在致病的风险，使用前需要经过严格的安全性评价。

关键词：粪肠球菌; 比较基因组学; 乳制品; 安全性评价

基金资助：内蒙古自然科学基金重点项目(2023ZD17)；内蒙古自治区高等学校“青年科技英才支持项目”(NJYT24055)