鱼源荧光假单胞菌分泌蛋白的全基因组预测与功能分析

来源：中国食品学报杂志2024年第9期北京时间：

作者：李秋莹，张雪婷，崔方超，檀茜倩，孙彤，励建荣

单位：李秋莹渤海大学食品科学与工程学院 辽宁锦州 121013;生鲜农产品贮藏加工及安全控制技术国家地方联合工程研究中心 辽宁锦州 121013,张雪婷渤海大学食品科学与工程学院 辽宁锦州 121013;生鲜农产品贮藏加工及安全控制技术国家地方联合工程研究中心 辽宁锦州 121013,崔方超渤海大学食品科学与工程学院 辽宁锦州 121013;生鲜农产品贮藏加工及安全控制技术国家地方联合工程研究中心 辽宁锦州 121013,檀茜倩渤海大学食品科学与工程学院 辽宁锦州 121013;生鲜农产品贮藏加工及安全控制技术国家地方联合工程研究中心 辽宁锦州 121013,孙彤渤海大学食品科学与工程学院 辽宁锦州 121013;生鲜农产品贮藏加工及安全控制技术国家地方联合工程研究中心 辽宁锦州 121013,励建荣渤海大学食品科学与工程学院 辽宁锦州 121013;生鲜农产品贮藏加工及安全控制技术国家地方联合工程研究中心 辽宁锦州 121013,lijr6491@163.com

摘要：目的:荧光假单胞菌是冷藏海水鱼的优势腐败菌，具有较强的胞外蛋白分泌能力是其导致鱼类腐败的重要因素之一。本文探究其全基因组水平胞外蛋白的组成、特征及分泌途径。方法:采用多种生物信息学分析软件对鱼源荧光假单胞菌PF08胞外蛋白分泌情况进行预测和功能分析。结果:荧光假单胞菌PF08全基因组编码的5 514条蛋白中，筛选到66个具有Sec/SPI型信号肽，定位在胞外，不具有或只有一个跨膜结构以及无GPI锚定位点的经典分泌蛋白。蛋白长度大多为101~400个氨基酸，多为小分子蛋白，且疏水性氨基酸组成所占比例最高。通过Nr数据库注释到13个菌毛蛋白、11个酶类、2个鞭毛蛋白、7个DUFs家族蛋白、17个未知功能假定蛋白及16个其它功能蛋白。通过COG分析，这些蛋白主要注释到细胞内运输、分泌和囊泡运输，细胞运动，信号转导及细胞壁、膜、生物包膜等功能类别。GO注释显示这些蛋白在生物过程、细胞成分和分子功能3个类别中均注释丰富。结论:荧光假单胞菌的经典分泌蛋白组由不同功能性质的蛋白质组成，涉及促进荧光假单胞菌的胞外定殖、生物被膜形成、分解食品组分等方面的关键蛋白，为进一步研究荧光假单胞菌对鱼类的致腐机制提供重要依据。

关键词：荧光假单胞菌; 分泌蛋白; 生物信息学; 腐败

基金资助：国家自然科学基金项目(32202141)；辽宁省教育厅面上项目(JYTMS20231617)