瑞士乳杆菌种内分化规律及其亚群基因组特征解析

来源：中国食品学报杂志2025年第7期北京时间：

作者：姜杨，周宇婷，刘小鸣，赵建新，陈卫

单位：姜杨江南大学食品学院 江苏无锡 214122;大理大学公共卫生学院 云南大理 671003,周宇婷江南大学食品学院 江苏无锡 214122,刘小鸣江南大学食品学院 江苏无锡 214122,陈卫江南大学食品学院 江苏无锡 214122,

摘要：目的:揭示瑞士乳杆菌种内分化规律，解析不同亚群的功能基因组变化特征及瑞士乳杆菌在我国的生态位。方法:基于全基因组信息，依据化石时间标定瑞士乳杆菌种内系统发育与分化时间，分析142株瑞士乳杆菌不同亚群基因组特征，解析中国瑞士乳杆菌的种内分布。结果:瑞士乳杆菌种内亚群按分化先后时间依次为Clade I、Clade II、Clade III，菌株分布率分别为1%，5%，94%。种内分化导致Clade II菌株的氨基酸代谢基因家族显著收缩，外源细菌素免疫和多种抗生素耐药基因家族显著扩张，Clade III菌株的蛋白、半乳糖利用基因家族显著扩张，其它碳水化合物利用基因家族显著收缩。我国瑞士乳杆菌菌株中97%是乳源分离株，约2%是植物源分离株，1%是人源分离株。结论:瑞士乳杆菌种内分为3个亚群，种内分化没有明显的地域依赖。Clade II菌株的肠道适应相关基因家族显著扩张，Clade III菌株乳源适应相关基因家族显著扩张。我国有丰富的野生瑞士乳杆菌资源，内蒙古、新疆、西藏、云南等地的传统发酵乳制品是其主要来源。

关键词：瑞士乳杆菌; 种内分化; 功能基因; 基因家族

基金资助：国家自然科学基金项目(32472347)；江苏省科技计划专项(BZ2024045)