注射剂微生物污染的全基因组测序溯源分析研究

来源：药物分析杂志2021年第7期北京时间：

作者：孙雪奇, 张庆芬, 刘程智, 肖剑, 宋安华

单位：1.广州市食品检验所,广州 511400; 2.广东省药品监督管理局审评认证中心,广州 510080; 3.浙江省微生物研究所,杭州 310012

摘要：目的: 对某制药企业注射剂无菌检查阳性污染菌A1（葡萄球菌）进行溯源。方法: 采用Illumina 平台高通量测序对A1 和采集自生产和检验环节的16 株葡萄球菌进行全基因组测序,使用Unicycler 软件对序列进行拼接,用Prokka 软件进行菌株基因预测,通过计算基因组序列与模式菌株之间的OrthoANI 值和AF 值进行菌株鉴定,用orthoANI 软件进行两两orthoANI 值比较;用kSNP 软件进行两两SNP 比较,并通过距离矩阵转换进行聚类分析,分析了菌株的基因组大小、GC 含量、编辑基因数量等特征以及A1 与其他收集菌株的同源性关系。结果: 无菌检查阳性污染菌A1 菌株为科氏葡萄球菌,基因组大小为2 765 495 bp,GC 含量32.27%,在调查样本中,A1 菌株的核酸信息与无菌检验环境污染菌A2 菌株的核酸信息具有最大相似性。结论: 全基因组测序简便、快速、稳定、准确,其两两orthoANI 值比较、SNP 比较及聚类分析结果准确显示菌株的同源性关系,适用于对污染菌株进行准确溯源,有利于制药企业实现对生产和检验过程的微生物控制。

关键词：微生物污染,全基因组序列分析法,葡萄球菌,溯源,相似性分析,平均核苷酸一致性,单核苷酸多态性,