不同血清型腺相关病毒衣壳蛋白氨基酸残基序列分析*

来源：药物分析杂志2023年第12期北京时间：

作者：侯宗文, 秦玺, 陶磊, 史新昌, 张怡轩

单位：1.沈阳药科大学,沈阳 117004;2.中国食品药品检定研究院,北京 100050

摘要：目的:分析不同血清型腺相关病毒衣壳蛋白(VP1)氨基酸残基序列,建立相似性比较方法和数据库,预测VP1氨基酸残基序列突变后可能隶属的血清型。方法:对不同血清型腺相关病毒VP1氨基酸残基序列分析,找出共同序列,并对序列进行对齐。分别对疏水氨基酸残基、亲水氨基酸残基和酸/碱氨基酸残基进行单独赋值,赋值参数包括侧链长度、基团数量和解离/结合强度等,再用相关系数法和差值法计算相似度。规定全局电荷决定界值,判断电荷的变化是否会引起蛋白质周围电场的显著变化。最后综合考虑四者的关系,给出与已知血清型VP1氨基酸残基序相似度。通过其他已知血清型的VP1氨基酸残基序进行验证。结果:基本上可以区分不同的血清型,并且对相同血清型中的不同亚型具有一定的容忍度。结论:对腺相关病毒衣壳蛋白VP1氨基酸残基序列与其血清型间的联系进行了探讨,希望对重组腺相关病毒为载体的基因治疗研发提供支持。

关键词：腺相关病毒,血清型,衣壳蛋白氨基酸残基序列,相似性比较,蛋白序列突变,预测,

基金资助：*北京市科技计划资助(2021YFF0600804)