山茱萸属药用植物叶绿体基因组密码子偏好性与系统发育研究*
来源：药物分析杂志2025年第12期北京时间：
作者：郑梦迪, 李傲雪, 尹念念, 陈斯琪
单位：西安医学院,西安 710021
摘要：目的：对山茱萸属植物进行叶绿体基因组、密码子构成特性及密码子的使用偏好对比分析,为山茱萸属植物的遗传、分类、鉴定、资源开发利用、分子育种等提供理论基础和参考。方法：从GenBank获取8种山茱萸属植物的叶绿体基因组,利用CPGAVAS2进行注释后,依次使用MISA、IRscope和mVISTA进行SSR、边界及序列变异分析。随后,综合运用CodonW1.4.2和CUSP进行中性图、ENC-Plot、PR2-Plot及对应性分析,以确定最优密码子,并利用MAGE11进行遗传聚类分析。结果：山茱萸属8种植物叶绿体基因组为经典四分体结构,且结构较为保守,单核苷酸重复序列均超过90%,JSB（IRb/SSC）区的扩张收缩程度较大,密码子的组成倾向于使用A/T作为结尾,而这种密码子偏好性的形成是多因素共同作用的结果,包括突变和自然选择等;共同最优密码子为UCA、AAU、GAU;聚类分析表明,山茱萸与川鄂山茱萸亲缘关系紧密,而灯台树与其他植物亲缘关系疏远。结论：山茱萸属8种植物叶绿体基因组在结构、组成方面相对保守,密码子组成结尾偏好使用A/T,密码子偏好性受碱基突变、自然选择等多种因素共同影响,山茱萸和川鄂山茱萸之间亲缘关系更接近。
关键词：山茱萸属,叶绿体基因组,密码子偏好性,系统发育,最优密码子,药用植物,分子进化,
基金资助：<sup></sup>陕西省自然科学基础研究计划项目（2021JQ-782）;西安医学院2022年度科研能力提升计划项目（2022NLTS084）;西安医学院2024年度科研能力提升计划项目（2024NLTS122）
