应用生物信息学预测牛新microRNA及验证

来源：畜牧兽医学报杂志2015年第8期北京时间：

作者：崔晓钢，杨少华，谢岩，张胜利，张勤，孙东晓

单位：中国农业大学动物科技学院，农业部动物遗传育种与繁殖重点实验室，畜禽育种国家工程实验室，北京 100193

摘要：本研究旨在通过比较基因组学和结构序列分析方法预测牛基因组中的新miRNAs并进行试验验证。根据miRNA 分子序列具有一定保守性，将人、小鼠、绵羊、猪和狗5种哺乳动物已知的miRNA 分子与NCBI中牛的全基因组序列（UMD3.1）对比，获得牛miRNAs；随机选取部分预测的miRNAs进行实时荧光定量PCR（qRT-PCR）验证。结果，基于物种间序列同源比对共计预测到44条新的牛miRNAs，选取其中4条miRNAs，通过qRT-PCR方法，发现他们在泌乳期中国荷斯坦牛乳腺、心、子宫和肝组织中均有表达。结果表明，基于比较基因组学和生物信息学预测新的miRNA 分子可行，为奶牛基因表达调控及其性状形成机制研究提供了前期基础。

关键词：

基金资助：863课题（2013AA102504）；现代农业产业技术体系北京市奶牛创新团队