牛miR-320a的靶基因预测及生物信息学分析

来源：畜牧兽医学报杂志2015年第11期北京时间：

作者：郭云涛，张秀秀，苗向阳

单位：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京 100193

摘要：旨在对bta-miR-320a的靶基因进行生物信息学预测和分析，探索其影响牛脂肪沉积的作用机制。本试验利用Promoter Scan、TargetScan、DAVID、Cytoscape等生物信息学软件和miRBase、Ensembl、NCBI、miRWalk等数据库对bta-miR-320a进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析。结果表明，miR-320(a)在各物种间非常保守，bta-miR-320a启动子区域有SP1等多个转录因子结合位点，获得的84个靶基因主要参与负调控细胞分化、细胞周期、负调控生长等多个生物学过程，涉及p53、细胞周期和MAPK等信号转导通路。由此推测，bta-miR-320a受到SP1等多种转录因子调控，它可能通过对MAPK、细胞周期和p53信号通路中靶基因TP53、MAPK1等的抑制作用调控牛脂肪细胞分化，进而影响了牛的脂肪沉积。

关键词：

基金资助：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2013ywf-yb-5；2013ywf-zd-2)；中国农业科学院农业科技创新项目(ASTIP-IAS05)；转基因生物新品种培育科技重大专项(2009ZX08008-004B；2008ZX08008-003)；国家“863”计划项目(2008AA10Z140)；国家自然科学基金项目（30571339）；中国农业科学院创新基金项目（2004-院-1）