利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数的准确性

来源：畜牧兽医学报杂志2016年第2期北京时间：

作者：张静静，高会江，吴洋，朱波，齐欣，高雪，张路培，陈燕

单位：1.吉林农业大学动物科技学院，长春 130118； 2.中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京 100193

摘要：本研究旨在利用SNP标记估计西门塔尔牛亲缘关系系数，以期准确确定估计个体间亲缘关系系数所需的SNPs数量。研究以1 059头出生于2008-2012年的西门塔尔牛为试验群体，利用Illumina bovineHD（770 k）芯片，根据最小等位基因频率（MAF）区间，分别选择100、500、1 000、1 500、2 000、2 500和3 000 个SNPs用于个体间亲缘关系系数的估计。结果显示，随着标记数目的增多，估计的亲缘关系系数准确性逐渐增加。且当SNP标记数目达到2 500时，所估计的亲缘关系系数与利用所有标记估计的个体间亲缘关系系数差异不显著，二者相关系数达到0.89 以上。同时，利用不同等位基因频率区间内标记估计的个体间亲缘关系系数差异不显著。由此可以看出，当所选标记数目达到2 500以上时，可以得到较高的亲缘关系系数估计准确性。本研究为基于SNP标记信息估计亲缘关系系数的进一步研究提供了理论基础，同时为西门塔尔牛群体个体间亲缘关系的研究提供依据。

关键词：

基金资助：国家自然科学基金（31402039）；北京市自然科学基金（6154032）；中国农业科学院基本科研业务费（2014ywf-yb-4）；农业部物种资源保护（畜禽）项目（F557）；中国农业科学院科技创新工程经费（cxgc-ias-03）；科技支撑计划（2011BAD28B04）；863项目（2013AA102505-4）；中国农业科学院院本级增量业务费（2013ZL031）