猪病毒性腹泻检测基因芯片的两种样品标记技术比较

来源：畜牧兽医学报杂志2016年第4期北京时间：

作者：马锐，尹人杰，黄小波，文心田，杨国淋，常晓霞，张仙，滑翔，赵玉佳，曹三杰，文翼平，伍锐

单位：1.四川农业大学动物医学院，猪病研究中心与基因芯片实验室，成都 611130；2.四川省崇州市农村发展局，崇州 611200

摘要：对猪病毒性腹泻检测芯片的两种样品标记方法进行比较。分别选取猪流行性腹泻病毒（PEDV）的S和M基因，猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）的N和S基因，A型猪轮状病毒（GAR）的VP7和NSP4基因设计引物，用PCR扩增制备靶基因，纯化后制备猪病毒性腹泻联合检测基因芯片。提取样品核酸，采用Cy3直接标记法和间接标记法进行PCR扩增标记，标记的样品再与芯片杂交、扫描和数据分析，同时对两种标记方法的特异性、敏感性等进行了比较。结果表明，两种方法标记的样品均能与基因芯片特异性杂交，但直接法的中位信号值（median）均高于间接法的中位信号值，直接法的芯片杂交信噪比是用间接法的5倍以上。两种标记方法制备样品特异性好，猪蓝耳病毒、猪瘟病毒、猪乙型脑炎病毒、猪伪狂犬病毒验证检测为阴性；直接法和间接法的最低检测浓度分别为105和107 copies•μL-1，前者的灵敏性是后者的100倍。应用优化的直接标记法处理56份临床样品，进行芯片的检测应用，结果与RT-PCR一致。本研究结果表明直接法荧光标记样品可明显提高病毒性腹泻检测芯片的检测效果。

关键词：

基金资助：公益性行业(农业)科研专项项目（201203056）