基于RNA-Seq筛选鸭肠炎病毒感染鸭脾差异表达免疫相关基因

来源：畜牧兽医学报杂志2017年第2期北京时间：

作者：吴良涛，郑敏，华敏，万润，程振涛，周碧君，文明

单位：1.贵州大学动物科学学院，贵阳 550025；2.贵州大学动物疫病研究所，贵阳 550025；3.贵州省动物疫病与兽医公共卫生重点实验室，贵阳 550025

摘要：为挖掘鸭肠炎病毒(duck enteritis virus，DEV)感染鸭的差异表达免疫相关基因，本研究以DEV GZ株经腿部肌肉接种50 d鸭后，于接种后66、90和114 h采集鸭脾组织样本，提取总RNA，通过高通量RNA-seq技术测序，应用GO和KEGG数据库进行比对注释，并采用荧光定量PCR对部分差异表达基因进行验证，结果显示：DEV接种66 h时鸭脾的差异表达基因有511个，参与免疫相关生物学过程的为70个，其中上调基因46个，下调基因24个；90 h时差异表达基因有485个，参与免疫相关生物学过程的为64个，其中上调基因49个，下调基因15个；114 h时差异表达基因有531个，参与免疫相关生物学过程的为66个，其中上调基因35个，下调基因31个。GO数据库分析显示，差异表达免疫相关基因主要涉及细胞黏附、抗原加工和呈递、补体激活等免疫反应过程；KEGG数据库分析显示，差异表达免疫相关基因主要富集在细胞黏附分子、ECM受体互作、PPAR等信号通路；荧光定量PCR对7个差异表达基因进行检测显示，差异表达基因相对表达量与RNA-Seq技术测序结果基本一致。这些结果为进一步阐明DEV感染机制和机体免疫应答机制奠定了基础。

关键词：

基金资助：国家自然科学基金项目(31260607；31560703)；贵州省优秀青年科学人才培养计划项目(黔科合人字［2013］25号)；贵州省百层次创新型人才项目(黔科合人才［2016］4009号)；贵州省科技创新人才团队建设项目(黔科合人才团队［2015］4016号)