四川麻鸭mtDNA 全序列的克隆和生物信息学分析

来源：畜牧兽医学报杂志2017年第3期北京时间：

作者：谢艾轩，吴启超，李思德，罗俊，张涛，刘贺贺，张军，何桦

单位：四川农业大学动物科技学院，成都 611130

摘要：本研究旨在获得四川麻鸭线粒体DNA基因组全序列（mtDNA），为该遗传资源的保护与利用提供参考。研究参照近缘物种线粒体基因组序列，用Primer 6.0设计引物16对，采用PCR克隆测序技术获得四川麻鸭mtDNA基因组序列。结果表明，四川麻鸭mtDNA基因组全长16 604 bp，碱基组成为A（29.19%）、C（32.82%）、G（15.79%）、T（22.20%），包含22个tRNA基因、2个rRNA基因、13个蛋白质编码基因和1个非编码控制区（D-loop区）。使用在线软件tRNAscan-SE1.21和RNA structure5.6分析发现，22个tRNA基因是标准的4个恒定臂的三叶草二级结构。对四川麻鸭mtDNA基因组D-loop区序列分析发现含有Poly(c)、TAS、E-box、F-box、D-box、Bird-similarity box及CXB1保守框。用MEGA6.0，采用N-J法基于线粒体D-loop区和全序列做进化树，发现四川麻鸭与隆盛鸭血缘关系最近。

关键词：

基金资助：四川省科技厅应用基础项目（2015JY0110）；大学生创新性试验项目（1510626046）