基于RAD-seq简化基因组测序评价鹿苑鸡不同保种群保种现状

来源：畜牧兽医学报杂志2017年第5期北京时间：

作者：王洪志, 李国辉, 张贤, 张一平, 张会永, 殷建玫, 苏一军, 王克华, 韩威, 邹剑敏

单位：1. 江苏省家禽科学研究所 国家级地方鸡种基因库, 扬州 225125;2. 张家港市畜禽有限公司, 苏州 215623

摘要：本研究旨在评价基因库与保种场两个鹿苑鸡保种群的保种现状。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定基因库与保种场两个鹿苑鸡群体的SNP标记，通过计算遗传统计量，比较分析两个群体的遗传差异。结果，经过两步数据质控，在基因库与保种场两个鹿苑鸡群体中分别鉴定出SNPs标记395 021个和428 314个，两个群体的平均杂合度Ho分别为0.211 1和0.206 8，群体间的遗传分化系数Fst为0.005 6；在Structure模型聚类分析中两个群体始终聚为一类，没有个体分离出来，表明两个鹿苑鸡群体未发生显著遗传分化（P>0.05）。两个群体的近交系数Fis分别为0.178 8和0.193 5，相对较高的近交水平可能是由于起始基础群规模较小（抢救性保护）所导致的。进一步的选择信号分析发现，两个鹿苑鸡群体在1、2、5、Z等染色体区域（位点）上存在一定分化，通过Fst和θπ检验鉴定出58个受选择区域，筛选到96个受选择候选基因。GO和KEGG分析表明，这些差异基因主要富集在能量代谢、信号传递、应激免疫反应等调控通路。利用全基因组SNP标记信息可以更全面地评价保种现状，研究结果为进一步优化鹿苑鸡保种技术方案提供了依据。

关键词：

基金资助：扬州市自然科学基金项目（YZ2016134）；扬州市高效农业项目（YZ2016051）