尾分析法在不同规模群体中开展全基因组关联研究

来源：畜牧兽医学报杂志2017年第7期北京时间：

作者：武群清, 张龙超, 黄生强, 王立贤

单位：1. 湖南农业大学 动物科学技术学院, 长沙 410128;2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;3. 湖南省畜禽安全生产协同创新中心, 长沙 410128

摘要：旨在将尾分析法与全基因组关联分析相结合，初步确定两尾选择的标准。首先，对样本量为2 000、1 500、1 000、500的群体进行全基因组关联分析（GWAS），探索群体规模大小对GWAS结果的影响，然后对各样本量两尾的20%、15%、12%、10%、8%、5%进行GWAS，探索两尾比例的大小对GWAS结果的影响。研究结果表明，检测出的显著关联SNP数目随群体规模及两尾比例的减小而减少。初步确定两尾选择标准为：遗传力为0.38左右的性状，样本量为2 000、1 500、1 000、500，两尾选择比例分别为8%、10%、10%、20%；遗传力为0.50左右的性状，样本量为2 000、1 500、1 000、500，两尾选择比例分别为5%、5%、10%、15%。以此标准为基础进行GWAS，既能有效检测出最显著SNP位点或区间，又能最大程度地降低研究成本，提高研究效率。

关键词：

基金资助：国家科技支撑计划项目（2015BAD03B02-2）；中国农业科学院科技创新工程（ASTIP-IAS02）；国家生猪产业技术体系（CARS-36）