长链非编码RNA HOTAIR的分析及在黑色素瘤致病过程中互作分子的预测

来源：畜牧兽医学报杂志2017年第8期北京时间：

作者：李园, 刘文艳, 蔡永强, 张利环, 李宏, 朱芷葳

单位：山西农业大学生命科学学院, 太谷 030801

摘要：旨在通过生物信息学分析，预测与HOTAIR相互作用的转录因子、蛋白质及miRNA，为阐明黑色素瘤致病的分子机理提供研究方向，为设计新的药物提供靶标和治疗黑色素瘤提供理论基础。本试验在UCSC数据库中下载8个物种的HOTAIR序列，通过MEGA4.0构建系统进化树；运用lncRNAtor等数据库对长链非编码RNA HOTAIR的上游调控因子，互作的miRNA及相关蛋白进行分析；利用NONCODE和lncDisease等数据库分析HOTAIR在各组织的表达模式及与HOTAIR相关的疾病；使用TargetScan软件在线预测与黑色素瘤紧密相关的一些基因的靶标miRNAs；运用Cytoscape3.2.0软件绘制miRNA-HOTAIR-黑色素瘤相关基因的分子调控网络图。结果表明，HOTAIR定位于人类12q13.13染色体上HOXC11与HOXC12基因的54 356 092~54 368 740 nt位点之间，并且HOTAIR在不同的物种之间具有一定的保守性。HOTAIR在不同的细胞中受到多种调控因子的调控。HOTAIR特异表达于各个组织，在睾丸中的表达量明显高于其他组织，而在肺和卵巢中的表达量明显低于其他组织。GO功能分析发现，HOTAIR的靶基因参与细胞凋亡、DNA复制、转录调控等生物学过程，表明HOTAIR在癌症和一些人类疾病的病理及生理学过程中发挥着重要的作用。在HOTAIR的互作分析中发现，HOTAIR与miR-217、miR-203和miR-194等均有互作位点。结果显示，在黑色素瘤中，HOTAIR可能会与MITF和NKX3-1等黑色瘤关键基因竞争性结合miR-217、miR-203和miR-194，从而实现HOTAIR对黑色素瘤的调控，但还需要进一步的试验证明。GO功能分析和KEGG通路分析发现HOTAIR的表达水平与肿瘤的转移、复发以及预后紧密相关，结合一些转录因子对HOTAIR的调控为肿瘤的治疗提供一定的理论基础。

关键词：

基金资助：国家自然科学基金（31402156）；山西省基础研究项目（2014021028-2）；山西省科技重点研发项目（2015-TN-10）；山西农业大学青年拔尖创新人才支持计划（TYIT201403）