禽呼肠孤病毒强毒株和弱毒疫苗株感染鸡肝癌细胞的转录组学分析

来源：畜牧兽医学报杂志2017年第11期北京时间：

作者：黄莉, 谢芝勋, 谢丽基, 黄娇玲, 谢志勤, 范晴, 邓显文, 罗思思, 张艳芳, 曾婷婷, 王盛, 张民秀

单位：广西壮族自治区兽医研究所 广西兽医生物技术重点实验室, 南宁 530001

摘要：本研究旨在研究禽呼肠孤病毒（avian reovirus，ARV）强毒株S1133和弱毒疫苗株aS1133分别感染鸡肝癌（LMH）细胞后，LMH细胞基因组的转录水平变化。将1 MOI的ARV强毒株S1133和弱毒疫苗株aS1133分别感染LMH细胞，感染后6、12和24 h，收集感染细胞和阴性对照细胞，制备总RNA样品，使用Illumina HiSeqTM 2000测序仪进行转录组学测序。以感染组之间样品中上下调转录差异≥ 2且P ≤ 0.001的基因为差异基因，进行生物信息学分析并进行荧光定量PCR验证。分析结果表明，与ARV aS1133感染组相比，S1133感染组共有4 013个差异表达基因，其中6 hpi时，58个上调表达差异基因，5个下调基因；12 hpi时，1 429个上调基因，354个下调基因；24 hpi时，1 680个上调基因，481个下调基因。K-平均值聚类分析结果说明这些差异基因的表达模式主要呈上调表达模式，并且有10种共表达趋势。GO功能注释和分析结果表明差异基因主要具有GTP酶调节活性、信号转导活性、蛋白激酶活性等生物功能；主要参与机体应激、细胞信号转导、细胞凋亡等生物过程。Pathway富集分析结果表明差异表达基因主要参与Toll样受体信号通路、TGF-β信号通路、病原体感染应答等细胞信号通路。随机选择部分差异表达基因进行荧光定量RT-PCR验证，其结果表明与转录组学测序结果基本一致。以上数据比较分析了ARV强毒株和弱毒疫苗株感染后LMH细胞的基因表达的变化差异，探讨了宿主细胞对ARV不同毒力毒株的可能不同应答机制，有利于进一步阐明ARV致病机制。

关键词：

基金资助：国家自然科学基金（31660715）；广西自然科学基金（2014GXNSFCA118006）；广西水产畜牧兽医局科技项目（桂渔牧科201452003）；国家“万人计划”领军人材专项（W02060083）