犏牛体外受精胚胎的发育转录组分析

来源：畜牧兽医学报杂志2018年第1期北京时间：

作者：字向东, 刘霜, 夏威, 熊显荣, 黄林, 张正帆, 李志雄, 李键, 钟金城, 王利, 朱江江

单位：1. 西南民族大学生命科学与技术学院, 成都 610041;2. 西南民族大学青藏高原研究院, 成都 610041

摘要：本研究旨在探讨犏牛早期胚胎发育调控机制，为提高犏牛胚胎体外生产效率提供理论基础。以娟珊牛精子体外受精（IVF）牦牛卵母细胞获得的2-、4-、8-细胞、桑椹胚和囊胚5个阶段的杂种胚胎分别提取总RNA，采用Smart-Seq2扩增、构建测序文库，应用RNA-Seq技术进行高通量测序分析。对HiSeqTM2500测序所得的Raw Reads进行数据过滤后，得到5个发育阶段的犏牛早期胚胎的Clean Reads为47 791 850~63 332 216条，有80.00%~91.13%比对上参考基因的序列。4-细胞期表达的基因数最多（15 400），而桑椹胚表达的基因数最少（9 604）。以|log2 ratio|≥ 1，Q-value<0.05为阈值，获得2-~4-细胞、4-~8-细胞、8-细胞~桑椹胚及桑椹胚~囊胚4个发育阶段的差异表达基因（DEGs）分别为3 690、6 332、8 965和10 298个。GO分析表明，4个发育阶段的DEGs归类注释都涉及生物过程（BP）、细胞组分（CC）和分子功能（MF）3大类67个二级条目。KEGG分析表明，牦牛早期胚胎发育过程中DEGs富集的主要通路有剪接体（Spliceosome）、神经活性配体-受体互作（Neuroactive ligand-receptor interaction）、细胞因子及其受体相互作用（Cytokine-cytokine receptor interactions）、泛素介导的蛋白水解（Ubiquitin mediated proteolysis）、RNA转运（RNA transport）等通路。本研究利用RNA-Seq技术对犏牛体外受精胚胎在发育不同阶段转录组进行了分析，获得了众多差异基因和有关通路的富集，为完善犏牛胚胎体外生产技术提供了理论基础。

关键词：

基金资助：中央高校基本科研业务费专项资金项目（2015NZYTD02）