PDF2和ODF1转录组测序筛选牛卵泡发育相关基因

来源：畜牧兽医学报杂志2018年第2期北京时间：

作者：李鹏飞, 孟金柱, 郝庆玲, 毕锡麟, 王锴, 朱芷葳, 吕丽华

单位：1. 山西农业大学生命科学学院, 太谷 030801;2. 铜仁学院乌江学院, 铜仁 554300;3. 山西农业大学动物科技学院, 太谷 030801

摘要：旨在筛选牛卵泡发育相关基因及其表达模式。本研究选取9头青年母牛，同期发情处理后，采集卵泡波中出现偏差前的小卵泡PDF2（The small follicle at onset of predeviation）和出现偏差后的最大卵泡ODF1（The largest follicle at onset of deviation），分离颗粒细胞（Granulesa cells，GCs），提取总RNA，并进行转录组测序；经牛RefSeq数据库搜索和差异表达基因筛选，进行GO （Gene ontology）分析；随机选择5个基因（MAPK13、CYP19A1、GREB1、SERPINE2、GSTA5）进行qRT-PCR表达量验证分析。结果表明：PDF2和ODF1转录组中共获得RPKM （The reads per kilobase per million reads）值≥0.5的表达基因15 413个，其中表达差异倍数（Fold change）≥2的差异表达基因共651个；对651个差异表达基因进行GO分析表明，参与生物过程（Biological process，BP）的基因占41.66%，分子功能（Molecular function，MF）占17.24%，细胞组分（Cellular component，CC）占41.10%；GO分析结合Genecards基因功能查询，共筛选出13个下调基因和17个上调基因与牛卵泡发育直接相关；CYP19A1、GREB1、SERPINE2在优势卵泡（Donminant follicles，DF）的表达量极显著高于从属卵泡（Subordinate follicle，SF）（P<0.01），MAPK13在SF表达量极显著高于DF （P<0.01），GSTA5在SF表达量显著高于DF （P<0.05）。5个基因差异表达趋势与转录组测序结果完全相符，也进一步证明了转录组测序结果的可信度，为深入探讨基因调控牛卵泡发育奠定了基础。

关键词：

基金资助：国家自然科学基金（31402156）；山西省回国留学人员科研资助项目（2014-重点5）；山西省国际科技合作项目（201603D421006）；山西省三晋学者和人才引进项目；山西农业大学创新基金项目（zdpy201403/201503）；引进人才博士科研启动基金（2014ZZ04）；青年拔尖创新人才支持计划（TYIT201403）；山西省重点研发计划（一般）农业项目（201703D221020-1）