利用两种统计模型对中国肉用西门塔尔牛屠宰性状的全基因组关联分析

来源：畜牧兽医学报杂志2018年第4期北京时间：

作者：常天鹏, 夏江威, 宝金山, 金生云, 朱波, 徐凌洋, 陈燕, 张路培, 高雪, 李俊雅, 高会江

单位：1. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;2. 内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区兽医局, 乌拉盖 026321

摘要：旨在利用两种统计模型对中国肉用西门塔尔牛的胴体重和骨重两个屠宰性状进行全基因组关联分析（GWAS），并比较不同模型的分析结果，促进GWAS的方法研究。本研究以1 301头中国肉用西门塔尔牛为试验材料，通过实地采集和测量获得样品和表型数据，通过提取样品DNA，并利用Illumina BovineHD（770K）芯片分型获得基因型数据，采用线性混合模型（LMM）和复合区间定位-线性混合模型（CIM-LMM）两种模型进行关联分析，定位影响目标性状的显著SNPs及候选基因；同时对两种模型的GWAS结果进行对比，探讨模型的优劣。结果表明，CIM-LMM检测到了LMM检测的所有显著SNPs（P<0.05），显示出更高的统计效力。本研究共识别8和7个SNPs分别与胴体重、骨重显著关联，其中有2个SNPs与这两个性状都相关。这些SNPs主要分布于3、5、6、10、14、16、17号染色体上，其中6号和14号染色体显著SNPs分布较为集中；最终找到了11个候选基因，同时探讨了GCNT4、ALDH1A2、LCORL和WDFY3等基因的功能。本研究为中国肉用西门塔尔牛屠宰性状的遗传机理做了探索，并且为GWAS研究方法开拓了新的思路。

关键词：

基金资助：国家自然科学基金（31472079）；中国农业科学院科技创新工程（ASTIP-IAS03）