玉山黑猪两种头型遗传机制的初步解析

来源：畜牧兽医学报杂志2018年第8期北京时间：

作者：王成斌, 王小鹏, 郑小明, 陈浩, 张俊杰, 郭源梅, 丁能水

单位：1. 江西农业大学省部共建猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室, 南昌 330045;2. 国家级玉江猪(玉山黑猪)保种场, 玉山 334700

摘要：旨在检测"马脸"型和"狮子头"型玉山黑猪在基因组上的遗传分化信号，结合全基因组关联分析（GWAS），鉴别影响玉山黑猪两种头型的候选基因并探寻其可能的形成机理。本研究选取玉山黑猪国家保种场的24头"马脸"型个体和12头"狮子头"型个体，利用Illumina猪60K SNP芯片对这些个体进行扫描和基因分型。基于60K SNP芯片数据，检测"马脸"型和"狮子头"型两个类群间的遗传分化系数（Fst）。同时，进行病例-对照的GWAS分析和连锁不平衡（LD）分析，根据Fst、GWAS和LD分析结果确定重要候选基因。结果表明，两个群体间最强的遗传分化信号位于猪10号染色体，GWAS同样在该区域检测到显著的关联位点。LD及单倍型分析将置信区间锁定在该染色体11.76~12.05 Mb的一段290 kb的区域。本研究基于猪60K芯片数据，通过遗传分化分析、全基因组关联分析和连锁不平衡分析等手段，初步推测RAB3GAP2和IASR2为影响玉山黑猪头型的候选基因，该结果为进一步解析中国地方猪不同头型的形成机制奠定了基础。

关键词：

基金资助：江西省生猪产业技术体系（JXARS-01）