转录组测序分析猪胚胎附植的中期和后期卵巢差异表达基因

来源：畜牧兽医学报杂志2018年第9期北京时间：

作者：付言峰, 李兰, 赵为民, 方晓敏, 李碧侠, 王学敏, 周李生, 任守文

单位：1. 江苏省农业科学院畜牧研究所/农业部种养结合重点实验室/江苏省农业种质资源保护与利用平台, 南京 210014;2. 江苏省农业科学院动物免疫工程研究所, 南京 210014

摘要：胚胎附植是影响母猪产仔数的一个重要因素，本研究旨在找到猪胚胎附植的关键调控基因。选用5～7胎次梅山猪母猪4头，在其妊娠第18和24天分别屠宰2头，采集其卵巢组织进行转录组测序（RNA-seq）分析，GO功能富集分析及Pathway分析。结果表明：1）猪胚胎附植中期卵巢（卵_18 d）和后期卵巢（卵_24 d）两个组织样检测到的表达基因中最多的序列（reads）均为外显子序列；卵_18 d测得reads最多的染色体依次为6、14、1和7号，卵_24 d依次为1、7、14和M号；卵_24 d相较于卵_18 d有更多的基因表达，且表达量更高；两个时期卵巢组织中表达量前50位的基因中，线粒体基因占60%以上。2）卵_24 d相较于卵_18 d，有581个基因上调和103个基因下调，其中二者之间表达差异最大的基因为EN19684，位于线粒体中；表达差异最大的染色体基因为EN11278，位于14号染色体中。3）差异表达基因显著富集于内皮细胞活化等38个生物学过程，宿主细胞质等19个细胞学分区和FAD-AMP裂解酶活性等16个分子功能；差异表达基因在185条生物通路上存在差异，其中前3位极显著差异的生物通路依次为PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路和昼夜周期。综上表明，在卵巢组织表达的基因，重点参与了胚胎附植后期的调控，且高表达量基因多集中在细胞线粒体中，差异表达基因功能以内皮细胞活化为主，生物通路以PI3K-Akt信号通路为主。

关键词：

基金资助：国家科技支撑计划项目（2015BAD03B01-08）；国家生猪现代产业技术体系南京综合试验站（CARS-35）；江苏省农业重大新品种创制项目（PZCZ201733）；江苏省农业科技自主创新资金项目（CX（17）2002）；江苏省科技计划重点项目（BE2017324）；国家自然科学基金项目（31201767）