基于高速双倍自助法对蒙古马系统发育树的研究

来源：畜牧兽医学报杂志2018年第9期北京时间：

作者：任爱珍, 白东义, 赵一萍, 侯娜, 芒来

单位：1. 内蒙古农业大学理学院, 呼和浩特 010018;2. 内蒙古农业大学动物科学学院 内蒙古自治区蒙古马遗传资源保护及马产业工程实验室, 呼和浩特 010018

摘要：旨在利用高速双倍自助法研究蒙古马系统发育树的问题。本研究选用30匹蒙古马的mtDNA D-loop区碱基序列，其中包括5个蒙古马类群（巴尔虎马、三河马、乌审马、乌珠穆沁马、锡尼河马）各6匹，对其所有105个可能系统树（普氏野马作为外群，6匹）进行分析，利用生物信息学软件Mega6和PAMAL4.9，以最大似然法估计蒙古马的最大似然系统树。最后利用生物信息软件CONSEL、R3.0中的SDBP包等计算105个候补系统树的基于高速双倍自助法的可靠度（speedy double bootstrap P-value，SDBP）。结果表明，SDBP值最大的蒙古马系统树共有3个分支，巴尔虎马与乌审马合并为一个分支，具有较近的遗传关系；乌珠穆沁马与锡尼河马具有较近的遗传关系；三河马独立于其他4种蒙古马，构成一个系统发育分支。SDBP值最大的蒙古马系统树与三河马和其他4类蒙古马具有较远的预测血缘关系是一致的，同时此结果的系统树也具有最大似然值。本研究结果还表明，采用最大似然法结合SDBP值分析蒙古马的系统拓扑关系是较最大似然法结合渐近无偏（approximately unbiased，AU）值以及结合自助（bootstrap P-value，BP）值分析蒙古马系统拓扑关系更有效。同时也比非加权组平均法（unweighted pair-group method with arithmetic means，UPGMA）有效，而与邻接法（neighbor joining，NJ）得到了相近的结论。上述结果提示，我们的研究结果使蒙古马的进化理论奠定在更坚实的遗传学基础上，可推动蒙古马的进化理论进一步发展与完善。

关键词：

基金资助：内蒙古农业大学博士科研启动基金（BJ2014-14）；内蒙古自治区自然科学基金（2017ZD06；2018MS01006）；内蒙古自治区科学技术厅项目（201603002）；国家自然科学基金（31472070）