北京地区猪圆环病毒3型感染的检测及基因组遗传变异分析

来源：畜牧兽医学报杂志2018年第10期北京时间：

作者：孙明, 马君, 乔明明, 刘巧荣, 田新生, 杨欣艳, 孙胜永, 陈西钊

单位：1. 北京世纪元亨动物防疫技术有限公司, 北京 100094;2. 中国动物疫病预防控制中心, 北京 100125

摘要：旨在了解北京地区猪圆环病毒3型（porcine circovirus type 3，PCV3）的流行现状、分子生物学特征和遗传变异规律，为PCV3的防控提供参考依据。采集北京地区规模化养殖场73份临床表现为繁殖障碍和呼吸系统疾病的组织样品，对其中的PCV3进行检测和测序。根据PCV3全基因组序列设计3对特异性引物，从患PDNS的断奶仔猪内脏组织中扩增PCV3全基因序列片段，克隆到pMD19-T载体中，经测序、拼接获得PCV3全长cDNA序列，利用DNAStar和DNAMAN生物软件对全基因组进行遗传变异分析。结果：北京地区PCV3感染率为30.1%（22/73），PCV3全基因组长2 000 bp，GenBank序列登录号为MG546667，将该病毒命名为PCV3/CN/BJ-YH2016。其基因组有3个开放阅读框（ORF），其中两个ORF编码的蛋白与圆环病毒的复制相关蛋白（replication-associated protein，Rep）和衣壳蛋白（capsid protein，Cap）同源。PCV3/CN/BJ-YH2016与NCBI上30株PCV3基因组序列相似性为98.6%~99.3%，Rep蛋白氨基酸序列与美国毒株PCV3-US/MO2015（KX778720）的相似性最高（为100%），与中国毒株PCV3/CN/Guangdong-SG1/2016（MF589105）相似性最低（为95%），有16个氨基酸变异，全部集中在5-23位氨基酸。Cap蛋白氨基酸序列与美国毒株2164（KX458235）的相似性为100%，与其他毒株均有1~4个氨基酸发生变异，其中与PCV3-US/MO2015毒株相比变异位点分别位于24、26、56、100 aa。以上试验结果表明，成功从患断奶仔猪多系统衰竭综合征仔猪体内克隆了PCV3全基因，并完成了序列分析，这些数据将为研究这种新型病毒——PCV3的遗传变异和流行病学特征提供分子生物学依据。

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