牛流行热病毒分离株HN1/2012的全基因组序列测定及演化分析

来源：畜牧兽医学报杂志2018年第10期北京时间：

作者：高闪电, 王积栋, 独军政, 郑福英, 田占成, 殷宏

单位：1. 中国农业科学院兰州兽医研究所, 家畜疫病病原生物学国家重点实验室, 甘肃省动物寄生虫病重点实验室, 兰州 730046;2. 江苏省动物重要疫病与人兽共患病防控协同创新中心, 扬州 225009

摘要：旨在解析我国牛流行热病毒（BEFV）分离株HN1/2012的基因组特征，为阐明我国BEFV毒株的演化规律提供数据。根据GenBank中收录的BEFV毒株的全基因组信息，设计引物，以RT-PCR扩增11段相互部分重叠的DNA片段，克隆至pGEM T-easy载体，分别进行测序，利用DNAStar软件进行序列拼接获得HN1/2012株的全基因组序列。根据BEFV编码基因的转录起始（TI）和转录终止/多聚腺苷酸化（TTP）序列分析获得各基因序列及其开放阅读框（ORF），与参考毒株比对序列相似性，并以G基因序列构建系统发生树，分析其遗传演化关系。结果显示：HN1/2012株基因组全长为14 899 nt，包含前导序列（50 nt）、N基因（1 328 nt）、P基因（858 nt）、M基因（691 nt）、G基因（1 896 nt）、GNS基因（1 785 nt）、α1α2基因（638 nt）、β基因（459 nt）、γ基因（400 nt）、L基因（6 470 nt）和尾随序列（70 nt）。病毒9个基因分别由26、43、47、53、37、39、30、-21 nt的基因间隔区（IGR）连接。在全基因组水平，HN1/2012株与我国2002年浙江分离株JT02L的相似性最高，但G基因与同期分离株LYC11、LS11相似性最高。重组分析表明HN1/2012株未发生基因重组。HN1/2012株的演化可能与免疫选择压力导致的基因突变有关。本研究测定了HN1/2012株的基因组序列，为我国BEFV分离株的全基因组分子演化研究奠定了基础。

关键词：

基金资助：国家公益性行业（农业）科研专项（201303035）；农业部中央级公益性科研院所基本科研业务费（2016）；农业科技创新工程（ASTIP）