肉鸡肌肉与脂肪组织基因组差异剪接基因分析

来源：畜牧兽医学报杂志2018年第10期北京时间：

作者：张敏, 王杰, 孙艳发, 钟礼鹏, 李焰, 许卫华, 李虹仪, 张茂, 黄其春

单位：1. 龙岩学院生命科学学院, 龙岩 364000;2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;3. 福建省家畜传染病防治与生物技术重点实验室, 龙岩 364000

摘要：旨在鉴定和分析肉鸡肌肉和脂肪组织基因组差异剪接基因（differential splicing gene，DSG）。本研究采用Illumina Hiseq 2500测序平台对AA肉鸡胸肌和腹部脂肪组织各3个样品进行转录组测序，使用rMATS软件检测样品中可变剪接事件（alternative splicing，AS）和组织间的DSG，并对DSG进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果表明，在肉鸡肌肉和脂肪组织中分别检测到（5 966.00±111.66）和（6 757.00±156.51）个可变剪接事件（P=0.002）。5种可变剪接类型中以外显子跳跃（skipped exon，SE）为主，分别占肌肉和脂肪组织中可变剪接事件总数量的54.92%和52.67%。肌肉和脂肪组织基因组间检测到513个显著的DSGs。GO基因富集分析发现，93个DSGs显著富集于细胞组分和分子功能中。信号通路分析发现，31个DSGs富集在肌动蛋白细胞骨架调节、焦点粘连、丙酮酸代谢和细胞内吞作用信号通路中，其中14个DSGs在肌肉和脂肪组织基因组中的表达水平未发生显著变化。本研究通过对肉鸡肌肉和脂肪组织基因组中DSG的鉴定与分析，为研究可变剪接及其调控机制、组织间差异剪接的多样性提供理论依据。

关键词：

基金资助：国家自然科学基金（31501970）；福建省自然科学基金（2017J01640）；福建省高校杰出青年科研人才培育计划；杨胜先生门生社群项目（C2016046）；龙岩学院动物营养科研创新团队