基于WGCNA与GSEA方法挖掘调控中卫山羊羊毛弯曲相关基因

来源：畜牧兽医学报杂志2022年第9期北京时间：

作者：李晓波, 刘占发, 刘悦, 陈倩, 马月辉, 赵倩君, 叶绍辉

单位：1. 云南农业大学动物科学技术学院, 昆明 650201;2. 中国农业科学院北京畜牧兽医研究所, 北京 100193;3. 宁夏回族自治区中卫山羊保种场, 宁夏 755000

摘要：旨在探究中卫山羊羊毛弯曲随生长发生变化的分子机制，挖掘不同发育时期影响羊毛弯曲度的关键基因。试验采集了3只中卫山羊出生后45日龄（弯曲毛）和365日龄（直毛）的皮肤组织，进行转录组测序（RNA-seq），使用WGCNA与GSEA分析找出Hub基因。以P-value<0.05和|log2FoldChange|≥1作为差异表达基因筛选的标准，45日龄为对照组，365日龄为试验组共筛选得到1 252个显著差异表达基因，包括812个表达上调基因和440个下调基因。基于WGCNA方法分析共得到14个模块，其中黄色和绿松石模块与被毛弯曲表型相关。利用String和Cytoscape构建网络，筛选到20个影响羊毛弯曲度的核心基因。从GSEA结果中筛选的被显著富集通路Hedgehog signaling pathway、JAK/STAT signaling pathway、TGF/BETA signaling pathway等参与了毛囊发育调控。综合KEGG、WGCNA、分子网络构建、GSEA分析结果，共同筛选得到基因CCL27、IL7、WNT2，推断这3个基因在调控毛囊发育中起到了关键的调控作用。本研究为进一步阐明动物毛发弯曲的分子机制提供了理论基础。

关键词：中卫山羊,转录组测序,羊毛弯曲,WGCNA,GSEA

基金资助：农业农村部种业管理司《藏高原区域畜禽遗传资源调查（羊）》（19190665）；宁夏自然科学基金项目（2021AAC03532）；现代绒毛用羊产业体系（CARS-39-01）