红壤荒草地氨氧化细菌富集液16SrDNA文库的RFLP分析

来源：土壤学报杂志2006年第4期北京时间：

作者：张丽娜,曹慧,崔中利,孙波,李大力,李顺鹏

单位：张丽娜，南京农业大学农业部农业环境微生物工程重点开放实验室, 南京 210095;南京理工大学化工学院, 南京 210094；,曹慧，南京农业大学农业部农业环境微生物工程重点开放实验室, 南京 210095；,崔中利，南京农业大学农业部农业环境微生物工程重点开放实验室, 南京 210095;中国科学院南京土壤研究所, 南京 210008；czl@njau.edu.cn,孙波，中国科学院南京土壤研究所, 南京 210008；,李大力，南京理工大学化工学院, 南京210094；,李顺鹏，南京农业大学农业部农业环境微生物工程重点开放实验室, 南京 210095；,

摘要：分析红壤荒草地富集液中氨氧化细菌的种群组成,选取氨氧化细菌16SrDNA特异性引物序列,利用PCR技术对从富集液中抽提的细菌总DNA进行扩增,并建立了氨氧化细菌特异性的16SrDNA文库.用酶HhaⅠ和RsaⅠ对该文库特异性片段进行了限制性酶切片断长度多态性分析(Restriction fragment lengthpoly morphism,RFLP),随机挑选的35个特异性克隆片段被分成3个不同的RFLP类型,其中优势型占了所有分析克隆子的94%,另两个型各占3%.从每个RFLP类型中挑取一定的转化子进行测序,测序结果经GenBank检索,发现在该富集液体系文库中存在大量亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)细菌序列,由此推测红壤荒草地中存在氨氧化细菌,Nitrosomonas属细菌能在富集条件下成为优势菌.

关键词：氨氧化细菌;16SrDNA基因文库;富集液;RFLP;红壤

基金资助：*国家自然科学基金项目(40371069);中国科学院知识创新工程项目(KZCX3-SW-427);中国博士后科学基金项目(2003033495)资助