NFATc3敲除对肝癌细胞转录组的影响及其潜在靶基因的初步筛选

来源：石河子大学学报·自然科学版杂志2023年第6期北京时间：

作者：杨菁, 关贵文, 张婷, 王竞州, 陈香梅

单位：1 石河子大学医学院,新疆 石河子 832000;<br/>2 北京大学基础医学院病原生物学系,北京 100191

摘要：目的探究NFATc3基因敲除对肝癌细胞转录组的影响,并对NFATc3调控的靶基因进行初步筛选,以期为明确NFATc3靶基因及寻找新的抗肝癌治疗靶点提供依据。方法利用敲除NFATc3的SMMC7721细胞,在有或无仙台病毒(Sendaivirus,SeV)感染时进行转录组测序(RNAsequencing,RNA-Seq)检测,并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析。对两组测序数据差异基因交集中的免疫相关基因进行PPI蛋白网络互作分析,并利用qRT-PCR实验验证敲减或过表达NFATc3对肝癌细胞内S100A8和S100A9表达水平的影响。利用数据库数据,分析肝癌中S100A8和S100A9mRNA表达水平及预后。结果经RNA-seq分析发现,肝癌细胞中NFATc3敲除后差异表达基因主要富集在发育、代谢、细胞外基质和血管生成等通路。PPI蛋白网络分析发现S100A8和S100A9可能是NFATc3的重要靶基因。qRT-PCR实验结果显示敲除或敲减NFATc3均可上调S100A8和S100A9的表达,而表达外源NFATc3则可下调S100A8/S100A9的表达。数据库分析显示,肝癌组织中S100A8/S100A9的表达水平显著高于癌旁组织,S100A8/S100A9高表达的肝癌患者与患者生存期短及预后较差相关。结论肝癌细胞中NFATc3基因敲除影响的宿主基因功能主要富集在发育、代谢、细胞外基质和血管生成等通路。NFATc3可以抑制S100A8和S100A9基因的转录表达,S100A8和S100A9可能是肝癌中NFATc3调控的潜在靶基因。

关键词：RNA-seq,活化T细胞核因子c3,差异表达基因,通路功能富集,靶基因

基金资助：国家自然科学基金项目(82272315),新疆地方与民族高发病教育部重点实验室开放课题(KF2021-1)