基于TIDE和TIDER的绵羊囊胚基因组编辑效率分析方法的研究

来源：石河子大学学报·自然科学版杂志2025年第2期北京时间：

作者：张海松, 陈振虎, 杨晨, 梁鑫宇, 陈青青, 黄玉慈, 张春晖, 张海月, 郑一闯, 皮文辉

单位：石河子大学动物科技学院, 新疆 石河子 832003

摘要：目的验证TIDE(TrackofIndelsbyDecomposition)和TIDER(TrackingofInsertion,DEletionsandRecombinationevents)分析绵羊囊胚基因组编辑结果的可靠性,为检测基因组编辑绵羊胚胎突变效率提供精准、及时的分析方法。方法TIDE是1种简便精准的检测方法,能精确测定CRISPR/Cas9在细胞群体中引发的靶向突变谱型和频率。利用TIDE平台对绵羊囊胚的基因组诱导突变进行表征分析与量化。结果以MSTN基因突变绵羊的基因组样本为材料,进行PCR扩增并构建T载体,随机选取单克隆测序。测序结果证实了TIDE分析基因组编辑结果的准确性。通过将TIDER分析单链寡核苷酸模板整合产生的编辑结果与DNA限制性酶切图谱对比,验证了TIDER分析外源DNA短片段导入的准确性。结论TIDE和TIDER工具可有效量化绵羊囊胚突变率,识别主要的插入和缺失类型,是高效经济的基因突变分析方法。

关键词：Cas9核糖核蛋白复合物,TIDE分析,TIDER分析,囊胚,绵羊

基金资助：新疆生产建设兵团科技项目(NYHXGG,2023AA01);石河子大学高层次人才科研启动经费(RCZK2021B34)