基于疾病信息网络的表型相似基因搜索

来源：软件学报杂志2018年第3期北京时间：

作者：侯泳旭,段磊,李岭,卢莉,唐常杰

单位：侯泳旭，四川大学 计算机学院, 四川 成都 61006511,段磊，四川大学 计算机学院, 四川 成都 610065;四川大学 华西公共卫生学院, 四川 成都 61004102,李岭，四川大学 生命科学学院, 四川 成都 61004103,卢莉，四川大学 计算机学院, 四川 成都 61006504,唐常杰，四川大学 计算机学院, 四川 成都 61006505

摘要：人类基因组计划的成果推动了生物信息学研究的发展.基于疾病表型相似性策略寻找功能上存在联系的致病基因，即表型相似基因，具有重要的研究价值和广阔的应用前景，是新兴的研究热点.然而，生物医学领域尚没有利用计算机方法开展基于基因-疾病-表型关系网络的表型相似基因搜索研究.对此，利用疾病公开数据库构建了包含基因、疾病、表型这3类异构类型节点的疾病信息网络，并设计了基于疾病信息网络的相似基因搜索算法gSim-Miner.针对疾病表型数据的特点，设计了剪枝策略提高算法效率.通过在真实数据上的实验，验证了疾病信息网络对搜索表型相似基因的适用性以及gSim-Miner算法的有效性、执行效率和可扩展性.

关键词：表型相似性;相似基因搜索;疾病信息网络;gSim-Miner

基金资助：国家自然科学基金（61572332，81473446）；中国博士后科学基金（2016T90850）；中央高校基本科研业务费（2016SCU 04A22）