基于高通量测序的中华鳑鲏基因组微卫星
特征分析及标记开发

来源：江苏农业科学杂志2018年第第18期北京时间：

作者：熊良伟; 王帅兵; 封琦; 王建国; 岳丽佳; 张娟; 吴云菲; 王权

单位：江苏农牧科技职业学院，江苏泰州 225300

摘要：利用Illumina Miseq测序技术，对中华鳑鲏基因组文库进行测序，查找基因组微卫星(SSR)位点并分析其组成，共检测到249 167个SSR位点，1~6核苷酸重复SSR均存在，其中二核苷酸重复SSR数量最多(53.59%)，其次为单核苷酸重复SSR(34.19%)，其他数量由多到少依次为三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复。随机选择50个SSR位点利用8份中华鳑鲏DNA样品进行验证，有41个位点能检测到扩增产物，其中28个位点扩增产物带型清晰且具多态性，利用上述多态性SSR标准检测泰州地区中华鳑鲏多态性。结果表明，有21个SSR标记扩增产物稳定，每个位点观测到等位基因3~13个，观测杂合度、期望杂合度分别为0.306 7~0.914 5、0.384 5~0.952 1，多态性信息含量为0.317 3~0.910 5，各位点间不存在连锁不平衡现象。说明利用Illumina Miseq测序技术开发中华鳑鲏SSR标记效率高，开发的标记适用中华鳑鲏资源评估。

关键词：中华鳑鲏;基因组;微卫星标记;特征分析;高通量测序

基金资助：江苏农牧科技职业学院科研项目(编号：NSF201510-1)；江苏省水产三新工程项目(编号：Y2015-25)；江苏省高校“青蓝工程”(编号：苏教师［2017］15号)。