枸杞转录组SSR分布特征分析及其与
基因组SSR分布特征的比较

来源：江苏农业科学杂志2018年第第14期北京时间：

作者：虞杭; 张得芳; 樊光辉; 王占林

单位：1.青海大学，青海西宁 810016； 2.青海省农林科学院/青海高原林木遗传育种实验室，青海西宁 810016

摘要：通过Illumina HiSeq 2500高通量测序平台，利用RNA-Seq技术对青杞1号品种整体转录活动进行检测，并对得到的序列采用生物信息学手段进行拼接后查找SSR，然后与基因组SSR进行比较。结果显示，转录组共获得 5 411 个重复单元长度为2~6碱基的微卫星重复序列，2碱基重复的微卫星最为丰富，共2 666个，占49.27%，其中AG/CT基序的重复数量最多；3碱基重复类型有2 609个，占重复序列总数的48.22%；4碱基重复118个，5碱基重复10个，6碱基重复8个，分别占重复序列总数的2.18%、0.18%、0.15%。而基因组共获得14 733个重复单元为2~6碱基的微卫星重复序列，3碱基重复的微卫星最为丰富，共9 799个，占66.51%，其中GTT/CAA基序的数量最多。青杞1号转录组SSR与基因SSR在重复序列分布上存在显著差异

关键词：枸杞;RNA-Seq技术;转录组;微卫星;遗传图谱

基金资助：青海省科技计划(编号：2014-NS-522)；青海省自然科学基金青年科学基金(编号：2015-ZJ-926Q)；青海省重大科技专项(编号：2015-NK-A2)；青海高原林木遗传育种实验室(编号：2017-ZJ-Y29)。