化州柚SCoT-PCR反应体系的优化及分类鉴别研究

来源：江苏农业科学杂志2018年第第11期北京时间：

作者：王浩涵; 杨洁清; 欧阳小健; 孙杨杨; 黄海波

单位：广州中医药大学，广东广州 510006

摘要：用目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism，简称SCoT)分子标记对化州柚及其近缘种进行鉴别研究。为构建适合化州柚的SCoT-PCR最佳反应体系，对PCR体系的5大要素采用L25(56)表设计正交试验，得到最佳20 μL反应体系：3 mmol/L Mg2+、0.25 mmol/L dNTPs、0.75 U Taq酶、0.4 μmol/L引物、50 ng DNA。从36条引物中筛选出6条多态性明显的引物并优化其退火温度。最后用优化的6条引物对25份样品进行扩增，共扩增出94条条带，其中多态性条带69条，多态性比例范围55.56%~85.00%，平均多态性73.4%。构建的非加权配对算术平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means，简称UPGMA)聚类树能够较好地区分化州柚与其他柚类，且不同品种的化州柚间也存在一定的差异。因此在化州柚的分类鉴别研究中，SCoT标记不失为一种便捷、有效的手段。

关键词：化州柚;化橘红;SCoT;遗传多样性;分类鉴别

基金资助：国家中医药管理局公益性行业科研专项(编号：201407002-06)；全国第四次中药资源普查项目(编号：2017-152)；广东省岭南中药材保护专项(编号：2017-60)。