苦参转录组SSR位点及基因功能注释分析

来源：江苏农业科学杂志2019年第第07期北京时间：

作者：张宁; 尹美强; 谭青青; 温银元; 王玉国; 王金荣

单位：1.山西农业大学农学院，山西太谷 030801； 2.西北大学生命科学学院，陕西西安 710069

摘要：分析苦参转录组中的简单重复序列(SSR)位点信息，为开发分子标记奠定基础。利用Fastqc软件对苦参转录组测序的原始读长(reads)进行质量评估，再用Trimmomatic软件对reads质量较差的碱基进行过滤，利用Trinity软件对Trimmomatic处理后的reads进行序列组装，之后使用基因组装完整性评估(BUSCO)软件对转录组组装的序列进行质量评估，并分析组装的conting序列的开放阅读框(open reading frame，简称ORF)；利用MicroSAtellite(MISA)软件对无冗余独立基因(unigene)进行SSR搜索。利用Trinity软件最终筛选得到23074条ORF信息；使用MISA软件从unigenes序列中发现8 798个SSR位点，分布于7 339条unigene中，总体上unigenes序列中SSR占比为2.16%，SSR位点平均间隔是5.28 bp，其中占比最高的是单核苷重复基序，为50.53%；其次是出现频率分别为22.28%、24.73% 的二、三核苷酸。苦参转录组中SSR类型众多，出现频率高，在后续的苦参遗传性状分析，及次生代谢(苦参碱和黄酮等次生代谢产物)途径等相关基因定位等方面具有很好的应用潜力。

关键词：苦参;转录组;SSR;位点信息;基因功能;分子标记

基金资助：山西省重点研发计划(编号：201603D221003-2)。