基于棉花转录组测序的SSR分子标记的开发

来源：江苏农业科学杂志2019年第第07期北京时间：

作者：刘冬梅; 娄喜艳; 吴狄; 喻拥; 裴冬丽

单位：1.商丘师范学院生物与食品学院/植物与微生物互作省级重点实验室，河南商丘 476000； 2.商丘工学院土木工程学院，河南商丘 476000

摘要：通过对棉花转录组进行测序获得的57 695条Unigenes，利用MISA软件进行搜索，得出简单重复序列(simple sequence repeat，简称SSR)的分布情况，共挖掘检索得到1 886个SSR位点，SSR的出现频率为3.27%。所有SSR位点分布于1 759条Unigenes上，发生频率为3.05%，平均每20.8 kb会出现1个SSR位点。有117条Unigenes含有1个以上SSR位点，含有复合型SSR的Unigenes数目为56条，其中三核苷酸基元类型分布最多，SSR数量为 1 582个，占挖掘出总SSR数量的83.88%，而单、二、四、五、六核苷酸重复类型所占的比例较小。最后通过Primer 3程序进行SSR引物设计，得到部分引物序列，可用于棉花遗传多样性分析、分子标记辅助育种以及种质资源的保存等。

关键词：棉花;转录组测序;SSR;分子标记;引物设计

基金资助：国家自然科学基金(编号：31571997)；河南省高等学校重点科研项目(编号：16A210036)。