葫芦科作物抗氧化基因的全基因组鉴定及分析

来源：江苏农业科学杂志2023年第第8期北京时间：

作者：钱玉磊;闫晋强;刘文睿;吴智明;谢大森;江彪

单位：1.广东省农业科学院蔬菜研究所/广东省蔬菜新技术研究重点实验室，广东广州 510640；2.仲恺农业工程学院园艺园林学院，广东广州 510225

摘要：抗氧化(oxidation resistance，OXR)基因是含有TLDc结构域的一类基因，能有效清除活性氧，在抗氧化过程中发挥着重要作用。基于葫芦科基因组数据库，从6个葫芦科作物中共鉴定出37个OXR成员，其中冬瓜、西瓜、甜瓜、葫芦和黄瓜均有6个成员，南瓜有7个成员。通过系统发育以及保守结构域分析，将这些OXR成员分为 5个亚族：OXR1、OXR2、OXR3、OXR4和OXR5。OXR基因在染色体上呈不均匀分布，同一亚族OXR成员所编码的氨基酸数、分子量、外显子数、内含子数以及保守基序的排列模式都极为相似，表明OXR基因具有高度保守性。顺式作用元件分析结果显示，OXR基因的启动子区域含有多种顺式作用元件以及MYB转录因子的结合位点。基因复制分析发现，葫芦科OXR2成员通过片段复制或全基因组复制发生了一定扩张，这些复制基因对均受到纯化选择。共线性分析结果显示，在亲缘关系较近的葫芦科作物之间，OXR基因所在的共线性区块较大。不同组织的表达谱分析结果显示，葫芦科OXR4成员有相似的表达模式，在叶片中表达量均较高；OXR2亚族内复制基因出现了非对称表达的现象。

关键词：葫芦科;OXR基因;保守结构域;顺式作用元件;生物信息学;表达谱;亲缘关系