鸡miR-133a-3p的表达、生物信息学分析及其靶基因初筛

来源：江苏农业科学杂志2024年第第24期北京时间：

作者：余春莲;朱师良;杨炜蓉

单位：1.四川开放大学农林卫生学院，四川成都 610073； 2.四川省畜牧科学研究院，四川成都 610066； 3.西华师范大学生态研究院，四川南充 637002

摘要：为了研究鸡不同组织中miR-133a-3p的表达情况并预测其靶基因，进行GO、KEGG富集分析，对关键靶基因进行初筛，阐明其在机体中的作用。通过miRBase检索15个物种的miR-133a-3p序列，采用MEGA 7.0进行多物种序列比对及系统进化树构建；使用TargetScan、miRDB预测鸡miR-133a-3p的靶基因，再取交集，对其进行GO、KEGG富集分析；通过qPCR检测miR-133a-3p在罗斯308肉鸡各组织中的表达量，并检测其靶基因在不同生长周龄(W0~W6)胸肌中的表达规律。结果表明，不同物种miR-133a-3p的成熟序列同源性极高，物种间保守，系统进化树分析发现，鸡miR-133a-3p与原鸽聚为一支；预测获得145个靶基因，GO富集分析显示，靶基因富集到酶活性调控、分子功能负调控、内质网系统形成、肌球蛋白结合等条目，KEGG结果显示，靶基因富集到p53、mTOR、FoxO、肌动蛋白细胞骨架调控等多条与肌肉生长发育相关的信号通路；对肌肉生长发育相关通路进行分析，挖掘到PIK3CB、NRAS、EGFR、PRKAA1、IGF1R这5个显著富集基因；miR-133a-3p仅在胸肌、腿肌、心脏中表达，且在胸肌中的表达量显著高于心脏、腿肌(P<0.01)；随着生长周龄的增长，miR-133a-3p在胸肌中的表达量先升后降，而靶基因IGF1R的表达量呈先降后升的规律，它们的拐点均在第3周龄，二者负相关。综上说明，鸡miR-133a-3p在肌肉组织中特异性表达，很可能通过靶基因IGF1R调控肌肉生长发育。

关键词：鸡;miR-133a-3p;生物信息学;表达分析;肌肉生长发育;靶基因筛选