小型猪微卫星标记的遗传多样性

来源：江苏农业科学杂志2024年第第23期北京时间：

作者：涂尾龙;张莺莺;黄济;刁玉段;周杰珂;谈永松;王洪洋

单位：上海市农业科学院畜牧兽医研究所/上海种猪工程技术研究中心/农业农村部畜禽资源(猪)评价利用重点实验室，上海 201106

摘要：挖掘五指山猪、巴马猪、近交陆川猪和藏香猪中全基因组SSR，比较分析4个猪种中SSR分布特性并进行功能性SSR注释，为小型猪种质资源的保存及利用提供分子标记。选取4个品种猪各15头，分别构建全基因组SSR文库并进行测序，结合生物信息学分析方法，统计不同类型SSR(双、三、四、五、六核苷酸)的数量、SSR重复单元的分布模式、SSR的长度多态性并对功能性SSR进行注释，比较分析4个小型猪品种中全基因组的SSR特性。对猪参考基因组和4个猪种全基因组SSR统计发现，五指山猪中SSR的数量最多，巴马猪和近交陆川猪其次，藏香猪中最少，且每个品种中双、三、四核苷酸SSR的数量占比最多，与猪参考基因组中不同类型SSR的占比结果相似。SSR重复单元的分布模式显示，4个猪种中双、五核苷酸SSR中重复单元的分布模式相同，藏香猪中三、四核苷酸SSR中重复单元的分布模式与其他3个猪种不同，而六核苷酸SSR中重复单元的分布模式在4个猪种中完全不同。SSR的长度多态性分析表明，五指山猪、巴马猪、近交陆川猪和藏香猪中分别有19 957、14 099、20 671、14 120个长度多态性>1的SSR定位到猪参考基因组，其中，有2 518个SSR共同存在于4个品种中，而特异存在于4个猪种中的SSR分别有 5 173、2 802、5 969、4 463个。此外，对SSR进行注释发现，多态性SSR可能影响FGF23、MYF6、IGF1R和LEPROT等与猪的生长发育相关基因的编码区和调控区。本试验首次构建猪全基因组SSR文库并测序，在全基因组水平上比较分析4个小型猪品种的SSR，揭示了不同小型猪品种间SSR重复单元的分布模式存在差异，并对品种间共有及特异的SSR进行挖掘和注释，发现了可能与小型猪的生长发育相关具有长度多态性的SSR。本研究挖掘得到的SSR补充了猪基因组遗传变异信息和小型猪分子标记，建立的SSR分析方法可为不同物种、品种间SSR分析及鉴定工作提供参考。

关键词：微卫星;重复单元;长度多态性;小型猪;分子标记