中华绒螯蟹在低温胁迫下的转录组SNP位点识别及其功能分析

来源：江苏农业科学杂志2024年第第21期北京时间：

作者：李青;曹玉兰;李丽娟;葛传龙

单位：1.贵州省典型高原湿地生态保护与修复重点实验室，贵州毕节 551700； 2.贵州工程应用技术学院生态工程学院，贵州毕节 551700

摘要：为深入探究低温环境对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)转录组的影响，特别关注SNP标记位点及其关联基因SNP-Unigene在低温胁迫条件下的作用。选择在低温环境和原产地条件下饲养的中华绒螯蟹作为研究对象，利用Illumina平台对其肝胰腺进行转录组测序。使用SOAPsnp软件对测序数据进行SNP位点检测，并对这些SNP-Unigene进行GO、KOG和KEGG数据库的比对及功能注释。结果表明，在中华绒螯蟹中共发现了429 684个SNP位点，这些位点分散在22 249条SNP-Unigene上。SNP 位点的突变类型有 12 种，其中转换SNP位点远远多于颠换SNP位点，而其中又以C-T类型的突变数量最为显著。功能分析结果显示，在低温胁迫下，中华绒螯蟹的SNP-Unigene主要涉及细胞活动、代谢途径和信号传递等关键生物学过程，尤其是与能量代谢相关的路径。进一步研究筛选出了599条SNP-Unigene被注释到了磷脂酰肌醇3-激酶信号通路等26条与信号转导相关的通路中，以及315条SNP-Unigene被注释到了趋化因子信号通路等22条与免疫相关的通路中。本研究为未来深入探讨中华绒螯蟹在低温胁迫条件下的分子机制提供了重要的理论依据和基础材料。

关键词：中华绒螯蟹;低温胁迫;转录组测序;单核苷酸多态性;功能分析